通常，把Microsoft SQL Server简称为SQL Server。严格地说，SQL Server和Microsoft SQL Server是不同的，Microsoft SQL Server是由微软公司开发的SQL Server系统。但是，最早的SQL Server系统并不是微软开发出来的，而是由赛贝斯（Sybase）公司推出的。
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1987年，赛贝斯公司发布了Sybase SQL Server系统，这是一个用于UNIX环境的关系型数据库管理系统。1988年，微软公司、Aston-Tate公司参加到了赛贝斯公司的SQL Server系统开发中，目的是推出基于OS/2环境的数据库系统。1989年，由这三家公司组织的联合开发团队成功地推出了SQL Server 1.0 for OS/2系统。1990年，情况发生了变化，Aston-Tate公司退出了联合开发团队，微软公司希望将SQL Server移植到自己刚刚推出的新技术产品，即Windows NT系统。于是，微软公司终止了SQL Server for OS/2系统的开发，并与赛贝斯公司于1992年签署了联合开发用于Windows NT环境的SQL Server系统。微软公司与赛贝斯公司的合作开发一直持续到1993年发布的SQL Server 4.2 for Windows NT系统。
1993年，微软公司与赛贝斯公司在SQL Server系统方面的联合开发正式结束。从此，微软公司致力于用于Windows各种版本环境的SQL Server系统开发，而赛贝斯公司则集中精力从事用于各种UNIX环境的SQL Server系统开发。
1995年，微软公司成功地发布了Microsoft SQL Server 6.0系统，这是微软公司完全独立开发和发布的第一个SQL Server版本。1996年，微软公司又发布了Microsoft SQL Server 6.5系统。这是微软公司独自发布的功能齐全、性能稳定的SQL Server系统，该系统在数据库市场上占据了一席之地，在我国的应用范围也开始逐渐扩大。
1998年，微软公司又成功地推出了Microsoft SQL Server 7.0系统。该系统在数据存储、查询引擎、可伸缩性等性能方面有了巨大的改进。该系统的推出，使微软公司在数据库市场上开始了与甲骨文的Oracle系统、IBM的DB2系统、赛贝斯的Sybase ASE系统激烈的竞争。
2000年，微软公司迅速发布了与传统SQL Server有重大不同的Microsoft SQL Server 2000系统。从系统的版本名称来看，微软公司似乎采取了使用年号代替序号的策略。从功能和性能方面来看，Microsoft SQL Server 2000系统比先前的版本有了巨大的提高。从该版本开始，微软在系统中引入了对XML语言的支持。
2005年12月，微软公司艰难地发布了Microsoft SQL Server 2005系统。之所以说其艰难发布，是因为该版本的发布一波三折。与Microsoft SQL Server 2000系统相比，Microsoft SQL Server 2005系统又在此基础上进行了更多的改进，对整个数据库系统的安全性和可用性进行了巨大的改善，并且与.NET架构的捆绑更加紧密。所以在安装之前一定要安装microsoft .net 2.0环境。
2008年8月，微软公司发布了Microsoft SQL Server 2008系统，其代码名称是Katmai。该系统在安全性、可用性、易管理性、可扩展性、商业智能等方面有了更多的改进和提高，对企业的数据存储和应用需求提供了更强大的支持和便利。
在可用性方面，SQL Server 2008版本对数据库镜像进行了增强，可以创建热备用服务器，提供快速故障转移且保证已提交的事务不会丢失数据。
在易管理性方面，SQL Server 2008系统增加了SQL Server审核功能，可以对各种服务器和数据库对象进行审核；支持压缩备份；引入了中央管理服务器方法，方便对多个服务器进行管理；引入了基于策略的管理，可以降低总拥有成本；在数据库引擎查询编辑器方面，新增了一个类似于Visual Studio调试器的Transact-SQL调试器，便于对Transact-SQL语句进行调试；新增了变更数据捕获，对数据仓库有了更强的支持等。
在可编程性方面，SQL Server 2008系统增强的功能包括新数据存储功能(FILEST REAM存储、新排序规则、分区切换等)、新数据类型(日期、时间、空间、hierarchyid数据类型、用户定义表类型等)、新全文搜索体系结构(全文目录已集成到数据库中，而不是像以前版本的文件结构)、对 Transact-SQL所做的改进和增强(新增复合运算符、增强的CONVERT函数、增强的日期和时间函数、GROUPING SETS运算符、增强的MERGE语句等)等。
在安全性方面，SQL Server 2008系统的增强功能包括增加了新的加密函数(is_objectsigned、syskeyproperty等)、添加的透明数据加密(可以自动加密数据文件)、可扩展密钥管理功能(允许第三方企业密钥管理和硬件安全模块供应商在SQL Server中注册其设备)。
另外，Analysis Services、Integration Services、复制、Reporting Services、Service Broker等方面，SQL Server 2008系统都有许多增强。
2012年，微软又发布了新一代的Microsoft SQL Server 2012，此产品全面支持云技术与平台。同时套件中还包含一款微型数据库LocalDB，可用于手持设备或桌面平台的轻量数据应用的开发。
微软最近几次发布新的数据库产品，根据市场策略需要，都会有若干版本，常见的有：企业版、开发版、标准版、工作组版以及学习版或叫简版，学习版免费（比如MSDE2000数据库,sql2005express版,sql2008express版），其他版本价格不同，授权方式也不同，有按服务器CPU数量授权、也有按客户端连接数授权，也有OEM合作等多种方式，不尽相同。
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